无罪释放三个月后，念斌却在办理护照时因身份是“犯罪嫌疑人”遭拒。澎湃新闻(www.thepaper.cn)获悉，11月14日下午，福建“念斌案”主角念斌和他的姐姐念建兰前往福州市出入境服务大厅办理护照，经过系列的拍照、填表、采集指纹等程序之后，念斌却被告知，他的身份信息在出入境管理系统中显示为“犯罪嫌疑人”，不符合护照办理条件。
念斌对此感到极为不解：为何法院作出无罪宣判之后，自己仍不能享有一个普通人应有的权利？据念建兰转述，福州市出入境管理局的一位工作人员告诉他们：“念斌被列为犯罪嫌疑人，应找办案机关撤销，之后才能办理护照。”
念建兰告诉澎湃新闻，他们随后去福建省高院反映此事，法院一位工作人员回复称，将向上级反映此事并尽快解决。
澎湃新闻就此致电福州市公安局，一工作人员称出入境管理局属福建省公安厅管辖，福州市公安局不了解情况。而福建省公安厅则称，此事应直接询问出入境管理局。11月15日，澎湃新闻致电福州市出入境管理局，一名林姓工作人员称：“念斌在我们系统中显示‘犯罪嫌疑人’身份应该是信息更新滞后所致。”该工作人员向记者解释，出入境管理是个独立的系统，不与公安系统共享信息。出入境管理系统中的公民犯罪信息修改，首先要由司法机关向出入境管理部门出具书面材料，再由出入境管理部门录入电脑后实现信息更新。
“念斌8年前的‘犯罪嫌疑人’的信息应该是平潭县出入境管理大队录入的，现在出现这种情况是一个更新滞后的问题。”该工作人员说。
平潭县公安局曾主办念斌案，11月15日，澎湃新闻致电平潭县公安局长陈昌明，他表示自己不了解相关情况。
律师朱明勇告诉澎湃新闻，“犯罪嫌疑人”是办案机关对刑事案件立案之后，在侦查期间对涉嫌犯罪者的特殊称谓。根据出入境管理法的规定，侦查机关可通知边境部门对犯罪嫌疑人限制出境。“而念斌由福建省高院判决无罪，判决已经生效，他的犯罪嫌疑应当立即排除，公安机关有义务及时解除对念斌的限制。且经历8年多次审判之后，该案早已过了侦查阶段。无罪释放之后，念斌就应当享有一个普通公民享有的权利，包括办理护照。”
2006年7月，福建省平潭县发生两名儿童中毒死亡事件，受害者的邻居念斌被当地公安机关确定为犯罪嫌疑人。此后，该案历经福建两级法院的多轮审判，虽然念斌多次当庭陈述曾遭刑讯逼供且该案证据存在的种种漏洞，他依然四次被判死刑。2014年8月22日，福建省高院对念斌作出无罪判决，被羁押在看守所长达8年的念斌终获自由。
8年冤狱让念斌和他的家庭遭受重创，目前念斌和他的妻儿借宿在亲戚家里。念建兰称，获释之后，念斌到北京的医院进行了长达两个月的治疗，此次办理护照，本是打算在境外寻求更好的医疗条件，为念斌进行心理治疗。
念斌就办护照遭拒接受澎湃新闻电话采访时情绪异常激动，他称：“虽然身体被释放，但是还是解不开自己的心结。希望有一天真凶找到了，相关办案人员被追责，我会过上正常的生活。”
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